Il Protettorato delle Fondazioni dei Docenti e della Ricerca dipende dal Ministero Spagnolo dell' Educazione. Attraverso la sua segreteria, il Protettorato si preoccupa di controllare che le fondazioni che rientrano nel suo ambito di competenza realizzino gli obiettivi prefissi, mantendendosi all'interno dell'ambito giuridico relativo a questo genere di organizzazioni.

Il protettorato deve essere tenuto sempre al corrente dei progetti delle fondazioni, ricevendo periodicamente da ognuna di esse una memoria annuale in cui vengono illustrati i progetti che la fondazione conta di realizzare, come anche il bilancio economico e l'inserimento di nuovi membri nel Comitato Scientifico.