Le Protectorat des Fondations Educatives et de la Recherche dépend du Ministère de l'Education, de la Culture et des Sports. Par l'intermédiaire de la Secrétaire Générale Technique, le Protectorat des Fondations vérifie que les organismes qui dépendent de lui remplissent bien les objectifs fondationnels, en respect au décret juridique propre à ce type d'organisations.

Le Protectorat est toujours au courant des projets des fondations, il reçoit de chacune d'elles un mémoire annuel dans lequel sont répertoriés les projets
qu'elle va exécuter.